Điều đầu tiên khiến ai cũng ngỡ ngàng, ấn tượng khi đặt chân đến với quần thể di tích này là những dải tường bằng đất xù xì, mốc thếch rêu phong ở hai bên cổng và bao bọc quanh khuôn viên chùa. Tường đất ở chùa Bổ Đà được chình bằng loại đất sỏi son ở núi Bổ Đà. Đất được trộn với nước vừa đủ độ ẩm, người ta dùng những khuôn gỗ để dồn đất vào đó sau đó chình theo thứ tự từ thấp đến cao để tạo ra những bức tường đất. Tường đất chùa Bổ Đà có độ cao từ 1,8m đến 3 m, chân tường dày 0,8 m, đỉnh tường dày 0,4 m. Trên đỉnh tường có mõ tường được che bằng các mảnh gốm chum vại của làng Thổ Hà- một làng nghề gốm cổ nổi tiếng gần đó. Trải qua thời gian, mái và sườn tường đã ngả màu nâu xám, rêu xanh bám vào càng làm tăng thêm vẻ cổ kính của ngôi chùa. Đặc biệt, vùng này có nhiều đá, nhưng những dải tường của ngôi chùa vẫn được đắp bằng đất, ngoại trừ một số đoạn bị sạt lở nên được tu sửa bằng gạch đá, xi măng. Vì có những dải tường bằng đất nên mùa đông có tác dụng chắn gió, mùa hè lại mát mẻ. Bước chân vào tới cổng chùa, đi giữa hai dải tường đất, giữa những tiếng vi vu của giặm tre, hàng thông, tiếng ngân nga của chuông chùa, lòng du khách như thanh thoát nhẹ nhàng.
Kiến trúc nghệ thuật của khu nội tự chùa
Kiến trúc chùa Bổ Đà không giống với bất kỳ ngôi chùa truyền thống nào ở miền Bắc Việt Nam, lối kiển trúc kiểu “Nội thông ngoại bế’, không quan trọng ở sự nguy nga tráng lệ mà quan tâm tới sự liên hòan, thoáng đạt. Bước vào cổng chùa là nền đá muối có kích thước to nhỏ khác nhau. Cổng chùa được xây dựng theo kiến trúc thời Nguyễn mang dáng dấp gác chuông. Tiếp đến là nhà bếp gồm 4 gian lợp ngói tường xây gạch. Từ nhà bếp .....đến nhà để dụng cụ gồm 7 gian lợp ngói, kết cấu kèo kìm đơn giản. Nhà Tòa soạn gồm 7 gian, tường lợp ngói nền lát gạch vuông, kết cấu vững chắc, phía trước là sân gạch to. 

Nhà Tổ ly nằm sau nhà Tòa soạn, tường gạch ngói nền lát gạch vuông gồm 7 gian. Nhà Tiền tế gồm 5 gian, nhà khung bằng gỗ kiến trúc kiểu chồng giường, tường gạch lợp ngói. Nhà in Kinh làm theo kiểu chồng diêm 2 tầng, mái cao 8m. Nhà Trai gồm 3 gian tường gạch lợp ngói. Chùa Bổ Đà có dãy hành lang dài 7m nối từ nhà Trai đến nhà Pháp rộng 2,5m. Nhà Pháp dài rộng, gồm 7 gian tường gạch lợp ngói, nền lát gạch vuông. Tiếp đến là bể nước được xây sát tường hậu tòa Tam Bảo.
Tòa Tam Bảo kiến trúc theo kiểu chữ Đinh, phần hậu dài rộng, gồm 5 gian. Nền nhà cao 3 bậc, bậc thềm được lát bằng những phiến đá xanh có kích thước to nhỏ khác nhau. Phía trên là 5 bộ cửa bức bàn. Bên cạnh tòa Tam Bảo còn 1 dãy hành lang dài rộng, gồm 6 gian.
Nhà Khách là nơi hòa thượng ở, gồm 7 gian, 2 gian đầu là lối lên gác kiến, nhà chồng diêm hai tầng mái. Nhà tiếp khách gồm 6 gian, tường gạch lợp ngói, khung nhà bằng tre ngâm. Nhà Ga gồm 6 gian, khung nhà bằng tre ngâm lợp ngói. Nhà dùng để thi hài, làm ma cho các vị sư già quá cố.
Bởi lẽ khu nội tự mang nhiều kiến trúc khác nhau là do được xây dựng qua các thời kỳ khác nhau, nhưng hầu hết đều mang dấu vết của kiến trúc thời Lê-Nguyễn. Từ thời kỳ đầu khởi dựng đến nay chùa Bổ Đà vẫn nằm nguyên vị trí ban đầu. Về mặt không gian thóang đãng, sân chùa rộng rãi và nối tiếp với nhau tạo nên một quần thể chặt chẽ.
Ngoài công trình kiến trúc độc đáo khu nội tự, bên trong ngôi chùa còn lưu giữ được nhiều hiện vật quý hiếm. Hệ thống tượng Phật theo dòng Thiền phái Trúc Lâm, ván khắc, văn bia, sách Kinh Phật, hương án đồ thờ…mang giá trị vô giá cả về lịch sử cũng như văn hóa. Qua các hiện vật, ta hiểu được sự hình thành và phát triển của ngôi chùa.
Trung tâm Phật giáo – Chùa Bổ Đà
Hệ thống tượng Phật ở chùa Bổ Đà được bài trí theo dòng phái Lâm Tế có sự kết hợp với tín ngưỡng dân gian bản địa và Đạo giáo. Phật giáo vào vùng đất Bắc Giang là Phật giáo Thiền Tông nhưng không thuần túy, nó có sự kết hợp các yếu tố của Tịnh Tông, Mật Tông. Mặt khác trong khi du nhập vào Bắc Giang, đạo Phật đã tiếp thu và kết hợp với các yếu tố văn hóa dân gian, Đạo giáo. Chùa Bổ Đà là nơi kết hợp đủ các yếu tố văn hóa này. Chùa có ban thờ Đức Thánh Hóa, ở tiền đường bên trái có tượng của ngài gắn liền với thần tích về Thạch Tướng quân, có ban thờ đặt tượng Khổng Tử và Thái Thượng Lão quân. Ở nhà tổ lại có ban thờ tượng Tổ của thiền phái Trúc Lâm tam tổ, trên có bài trí tượng Tổ Trần Nhân Tông, Pháp Loa và Huyền Quang. Trong ký ức dân gian, nhân vật Thạch Tướng Quân được tôn thờ ở các khía cạnh khác nhau: Thứ nhất là vị tướng có tài năng và sức mạnh đặc biệt; thứ hai là vị tướng lập chiến công kỳ vỹ giúp nhà vua đánh thắng giặc Man; thứ ba là vị thần bảo hộ cho dân làng Tiên Lát. Chính những khía cạnh được tôn vinh này đã làm cho hình tượng nhân vật Thạch Tướng Quân in khắc vào trí tưởng tượng của nhân dân và có một sức sống lâu bền trong đời sống văn hóa tâm linh của cộng đồng cư dân.
Chùa Bổ Đà là một trong các sơn môn của dòng thiền Lâm Tế ở đồng bằng, hàng năm kiết hạ an cư có các vị tăng ni tín đồ tham thiền học đạo khá đông. Chương trình tu tập hàng ngày của các trường hạ không hòan tòan giống nhau về thời khắc nhưng tựu trung cũng không ngòai việc tọa thiền, kinh hành, tụng kinh sáng, tụng kinh chiều, học tập giáo lý, nghiên cứu kinh điển… Mùa an cư là thời gian quan trọng nhất trong năm, Mỗi mùa an cư là một tuổi đạo của cuộc đời nhà sư. Đây cũng là thời gian thuận tiện cho giới cư sĩ tại gia có dịp thân cận chư tăng học tập giáo pháp, đồng thời là cơ hội tạo phước báo nhân thiên qua việc hộ trì chúng tăng trong suốt mùa an cư.
Hội chùa Bổ Đà hàng năm được tổ chức từ ngày 15 đến ngày 19 tháng 2 âm lịch, đó cũng là ngày giỗ tổ khai sơn lập ra chùa Bổ Đà. Lễ hội chính của chùa Bổ Đà được tổ chức vào ngày 17-18 tháng hai âm lịch. Trung tâm tổ chức lễ hội diễn ra ở khu vực Bổ Đà, người dân trong vùng tổ chức lễ tế ở đền Hạ sau đó lên đền Trung và đền Thượng thắp hương và vãn cảnh chùa. Trên sân chùa, các đoàn hát biểu diễn liên tục suốt mấy ngày đêm. Rồi những canh hát quan họ, mời trầu, mời nước của các liền anh liền chị làm cho không khí ngày hội thêm vui tươi nhộn nhịp. Ngày vào hội, trong tiết xuân tháng hai âm lịch, khi thì ấm áp sắc xuân, khi thì mờ trong mưa bụi nhưng ở vùng núi Bổ Đà tất cả các di tích đều mở cửa đền, cửa đình, cửa chùa để đón khách thập phương đến hội. Khắp nơi trong hai thôn Lát Thượng, Lát Hạ, trên núi, dưới làng đều dập dìu những tốp người áo quần đẹp đẽ, đủ các sắc màu về đây trảy hội. Cả một vùng núi Bổ Đà rực rỡ bóng cờ. Tiếng trống tiếng phách rộn ràng. Dân làng tấp nập chuẩn bị cho tế lễ ở các đền, chùa trong vùng.

             Hội thi hát quan họ tại lễ hội chùa Bổ Đà
Trung tâm Phật giáo chùa Bổ Đà không những gắn bó máu thịt với với tăng ni phật tử ở chùa mà còn là nơi chứng kiến và diễn ra nhiều sự kiện lịch sử quan trọng của quê hương đất nước. Trong 9 năm kháng chiến chống Pháp xâm lược, chùa Bổ Đà là đại điểm làm việc chế tạo vũ khí của xưởng quân giới… Năm 1960 nhà chùa đã xung 50 mẫu ruộng và trâu bò, tài sản khác vào Hợp tác xã nông nghiệp.
Vườn tháp Bổ Đà – Vườn tháp lớn nhất Việt Nam
Vườn tháp chùa Bổ Đà nơi tàng lưu xá lị, tro cốt nhục thân của các tăng ni dòng Thiền Lâm Tế nằm ở bên trái khu nội tự và vườn chùa. Đó là bãi đất nằm nghiêng theo độ cao của dải núi Bổ Đà, có diện tích gần 8 nghìn m2. Bao quanh vườn tháp nhà chùa đã dùng đá núi, gạch chỉ và đất thó tạo nên bức tường thành để giữ gìn yên giấc ngủ ngàn thu cho các nhà tu hành đắc đạo. Khu nội viên có thảm cỏ xanh bản địa và những bụi hoa sim mua hoang dại cho vườn tháp thêm cảnh sắc thiên nhiên.
Trải quan gần 300 năm kể từ khi sư tổ Phạm Kim Hưng cho tu bổ lần đầu tiên đến nay, chùa Bổ Đà gần 100 ngôi bảo tháp lớn nhỏ. Đặc biệt có ngôi tháp an tàng tới 26 nhà sư. Họ đều là anh em cùng sơn môn, cùng tu 1 thầy, quý mến nhau muốn khi được về nơi tịch diệt vẫn được nằm cạnh nhau. 

Một điều đặc biệt nữa mà du khách được chiêm bái ở vườn tháp chùa Bổ Đà, đó là khu vườn tháp có cả sư tăng và sư ni, điều hiếm thấy ở các dòng thiền phái khác. Các ngôi bảo tháp đều được kiến tạo bằng đá, gạch chỉ và bít mạch bằng vôi vữa trộn với mật mía và bột giấy bản. Đa số các ngôi bảo tháp đều có tên nhưng do lâu năm nên nét chữ đã mờ phai nhiều. Trong lòng tháp thường có bia ghi bài vị và ghi thời gian sinh, hóa của các nhà sư vì vậy mỗi ngôi bảo tháp là những nguồn tư liệu chân thực giúp thế hệ sau này hiểu sâu sắc hơn về Thiền phái Lâm tế nói chung và lịch sử chùa Bổ Đà nói riêng.
Bộ mộc bản chùa Bổ Đà

Kho mộc bản kinh Phật nằm ở khu hậu viện của chùa, với mục đích muốn lưu truyền cho đời sau, vừa dùng làm phương tiện truyền dạy Phật pháp cho các môn đồ. Kho mộc bản kinh Phật ở đây được khắc từ năm 1740 đời vua Lê Cảnh Hưng (số năm được khắc trên ván kinh), còn bản sách kinh cuối cùng được khắc năm nào thì chưa rõ, nhưng trải qua 3 thế kỷ nhưng bộ mộc bản kinh vẫn giữ nguyên vẹn về hình thái. Trải qua gần ba thế kỷ, những hoa văn, chữ nổi trên ván kinh bằng gỗ thị vẫn còn rất sắc nét, không hề bị mối mọt. Không chỉ có văn tự, những nghệ nhân rất tài hoa khi xưa đã chạm, khắc lên những ván gỗ nhiều hình ảnh tinh xảo. Bên cạnh chốn tổ Vĩnh Nghiêm ở Yên Dũng, có thể nói sơn môn Bổ Đà là chốn tổ, trung tâm Phật giáo lớn thứ hai ở Bắc Giang, đóng vai trò quan trọng trong việc truyền bá và duy trì phát triển đạo Phật mà thiền phái Lâm Tế là chủ đạo. Do ảnh hưởng của thiền phái Lâm Tế nên các nhà sư đã cho khắc những bộ kinh đi sâu nghiên cứu về thiền. Dù thể hiện những giáo lý và tư tưởng của Phật giáo Ấn Độ nhưng những ván kinh do được khắc ở Việt Nam, bởi những bàn tay của người Việt nên mang dấu ấn Việt khá rõ qua các hoa văn, họa tiết trang trí, trong nhiều bản kinh thể hiện triết lý gắn bó giữa đạo và đời.