Bia trùng tu chùa Vĩnh Nghiêm khắc năm Hoằng Định thứ 7-1606 có ghi: Từ xa xưa, chùa Vĩnh Nghiêm đã được thư tịch và tư liệu cổ ghi nhận là một danh lam cổ tự đứng đầu thiên hạ: “Trước mặt bên phải thì có Xương Giang, Đức Giang, chẽ nhánh hội vào Lục Đầu Giang mênh mông uốn khúc đưa con thuyền từ bi cứu vớt chúng sinh. Đằng sau mé phải có Phương Sơn, Lạng Sơn, Hình Sơn, Quả Sơn trập trùng, quanh co muôn lớp sánh với cảnh Phật Bổ Đà. Trong chùa thì kim tướng Phật ngự ở chính giữa an tọa trên tòa sen. Ngọc nữ bên trên dâng trà thượng giới, phong cảnh nơi đây thật kỳ diệu” Giữ vị trí địa lý tâm linh quan trọng, chính vì vậy mà trong suốt nhiều thế kỷ qua, nơi đây trở thành điểm dừng chân lý tưởng cho du khách trước khi vượt sông leo núi về với kinh đô của đất thánh Yên Tử.
Không chỉ nổi tiếng với các hạng mục công trình đồ sộ, gắn kết chặt chẽ, mang tính chuẩn mực của chùa Việt, chùa Vĩnh Nghiêm còn nổi tiếng bởi giá trị điêu khắc tinh tế, điêu luyện, thể hiện rõ nét trong hệ thống tượng Phật và được xem như bảo tàng văn hoá Phật giáo Đại thừa tiêu biểu ở miền Bắc Việt Nam. Chùa đặc biệt nổi tiếng với bộ mộc bản - một loại hình tài liệu quý hiếm của Việt Nam, cũng là hiếm có trên thế giới, gồm khoảng 3.050 bản ván khắc với 9 đầu sách, chứa đựng những giá trị to lớn trường tồn với thời gian, những giá trị về ngôn ngữ, văn học, y học, phong thủy và thẩm mỹ học, được khắc ngược, do những người thợ tài ba và am hiểu sâu sắc về văn hóa chế tác. Với những giá trị to lớn, từ năm 1964 chùa Vĩnh Nghiêm được công nhận là di tích kiến trúc nghệ thuật quốc gia và đến năm 2015 trở thành di tích quốc gia đặc biệt. Mộc bản trong chùa được công nhận là di sản tư liệu ký ức thế giới khu vực châu Á - Thái Bình Dương vào năm 2012. Riêng với lễ hội, từ năm 2013 được công nhận là di sản văn hóa phi vật thể quốc gia.
Nằm trong dòng chảy chung của văn hóa lễ hội dân tộc song lễ hội chùa Vĩnh Nghiêm mang đậm dấu ấn bản địa với những nét đặc trưng riêng có. Từ lâu trở thành lễ hội lớn của khu vực, thu hút cộng đồng dân cư và muôn ngàn khách thập phương. Nhiều năm qua, huyện Yên Dũng không ngừng quan tâm, đầu tư để góp phần bảo tồn, phát huy nâng tầm giá trị di tích, di sản chùa Vĩnh Nghiêm. Theo đó mở rộng không gian, nâng cấp nhiều hạng mục. Trong đó xác định nâng tầm lên thành mùa lễ hội (từ tháng Giêng đến tháng Ba Âm lịch hằng năm), riêng lễ khai hội tổ chức quy mô cấp huyện. Ngoài việc chỉ đạo quản lý tốt hoạt động, dịch vụ, bảo đảm an ninh trật tự, vệ sinh môi trường, an toàn thực phẩm, đề án khẳng định tổ chức lễ hội chùa Vĩnh Nghiêm là lễ hội tôn giáo gắn với lễ hội dân gian nhằm tuyên truyền, quảng bá, giới thiệu truyền thống lịch sử, văn hóa, giáo dục lòng yêu nước, tự hào dân tộc cho các thế hệ, góp phần thực hiện hiệu quả nghị quyết về phát triển du lịch./.